近日，國家煙草基因研究中心作為第一單位完成的研究論文“PCMDB: a curated and comprehensive resource of plant cell markers”（第一作者：基因中心金靜靜、盧鵬；通訊作者：基因中心曹培健）在國際生物學(xué)權(quán)威期刊《Nucleic Acids Research》（中科院分區(qū)1區(qū)Top期刊，影響因子16.97）在線發(fā)表。這是基因中心生物信息學(xué)學(xué)術(shù)論文影響因子繼2020年首次突破10分后的又一全新跨越，再次創(chuàng)下行業(yè)作為第一單位發(fā)表論文影響因子的最高水平。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的蓬勃發(fā)展，推動生物學(xué)研究進(jìn)入單細(xì)胞水平。單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析的關(guān)鍵一步是利用細(xì)胞標(biāo)記基因?qū)?xì)胞類型進(jìn)行注釋，但目前植物細(xì)胞標(biāo)記基因分散在大量研究文獻(xiàn)中，在一定程度上限制了了其在植物單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析中的應(yīng)用。

為創(chuàng)造性地開發(fā)一套科學(xué)系統(tǒng)、精準(zhǔn)實用的植物細(xì)胞標(biāo)記數(shù)據(jù)庫，基因中心基于三個數(shù)據(jù)來源（實驗驗證、基于單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)、基于高通量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)），針對約13萬篇文獻(xiàn)開展了大數(shù)據(jù)分析和人工注釋，挖掘了煙草、擬南芥、水稻、玉米、大豆、番茄等6個模式植物的81117個植物細(xì)胞標(biāo)記基因，覆蓋了22個組織的263種細(xì)胞類型?；蛑行淖灾鏖_發(fā)的PCMDB數(shù)據(jù)庫可實現(xiàn)植物細(xì)胞標(biāo)記基因位置、序列、表達(dá)等信息的多維度查詢和可視化顯示。5個搜索引擎以及eFP Browser、Bar、t-SNE、U-MAP等展示分析工具，為數(shù)據(jù)庫提供了強(qiáng)大的數(shù)據(jù)分析能力。針對用戶自有單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)，PCMDB部署了SCSA和SignleR分析工具，可實現(xiàn)在線細(xì)胞類型鑒定。此外，針對目前數(shù)據(jù)庫尚未覆蓋的其他67種植物，PCMDB提供了基于序列相似性鑒定的候選細(xì)胞標(biāo)記基因。作為一站式數(shù)據(jù)庫，PCMDB將為植物單細(xì)胞測序研究提供精準(zhǔn)、全面的大數(shù)據(jù)分析平臺支撐。

PCMDB數(shù)據(jù)庫分析和展示工具

近年來，基因中心扎實落實鄭州煙草研究院要求，積極謀劃布局，產(chǎn)出了一批具有較高學(xué)術(shù)水平的科研成果。今年以來，作為第一單位，基因中心已發(fā)表影響因子在10分以上的論文2篇。